Het toekomstige Nederlands Architectuurinstituut (NAi) zou vrijstaand worden gesitueerd in de noordelijke punt van het Museumpark. Het bouwterrein was ongeveer een hectare groot, maar mocht maar voor de helft bebouwd worden, zodat er ruimte overbleef voor de aanleg van een park. Omgeven door openbaar gebied staat het gebouw vanuit elke richting in het zicht. Daarom zou het aan alle zijden 'een voorkant karakter' moeten krijgen. De ligging en verschijningsvorm van het gebouw zouden bovendien een ordening moeten brengen in wat een rommelige enclave was met een onduidelijke functie. Het gebouw zou een aanzet moeten geven tot een aantrekkelijk stedelijk milieu.
Paradox
De ontwerpopgave en het programma van eisen vloeiden voort uit het toekomstige gebruik van het gebouw. De hoofdtaken van het architectuurinstituut waren het verzamelen, beheren en toegankelijk maken van archieven en collecties (inclusief bibliotheek), het bestuderen van dit materiaal, het volgen van actuele ontwikkelingen en het uitdragen van de kennis die dit alles oplevert in de vorm van tentoonstellingen, publicaties en manifestaties. Het nieuwe gebouw werd gekarakteriseerd met de termen schatkamer, studeervertrek en feestzaal. Een groot deel van het gebouw was bestemd voor de opslag van archiefstukken die onder de juiste omstandigheden bewaard moesten worden in depots. Dat betekende dat het gebouw voor een groot deel een besloten karakter zou hebben. Tegelijkertijd moest het aantrekkelijk en uitnodigend zijn voor een groot publiek. Die paradox vormde een van de grootste uitdagingen in de ontwerpopgave.
Individuele kwaliteit
Toenmalig minister Elco Brinkman van Welzijn, Volksgezondheid en Cultuur (WVC) was bereid de meervoudige opdracht en de tentoonstelling van de plannen te subsidiëren. Hij vond wel dat het accent moest liggen op de manifestatie van de Nederlandse architectuur, dus er mochten hooguit twee buitenlandse architecten worden uitgenodigd. Uiteindelijk viel de keuze op Benthem en Crouwel, Jo Coenen, Rem Koolhaas, Wim Quist, en uit het buitenland Luigi Snozzi en Ralph Erskine. Laatstgenoemde liet op het laatste moment verstek gaan, waarna zijn plaats werd ingenomen door de Nederlander Hubert Jan Henket. Individuele kwaliteit was voor de opdrachtgever een belangrijk selectiecriterium, maar ook moesten oudere en jongere architecten vertegenwoordigd zijn en moest de selectie verschillende stromingen representeren.
Besluitvorming
De uiteindelijke keuze van een architect is een complexe zaak. Op tafel van de opdrachtgever lagen niet alleen de zes ingediende ontwerpen, maar ook het rapport van de beoordelingscommissie, het advies van de stuurgroep, stukken van allerlei adviserende partijen zoals raadgevende ingenieurs, kostendeskundigen, de Rijksgebouwendienst en de medewerkers van het toekomstige architectuurinstituut. In de (vak)pers was het ontwerp van Rem Koolhaas favoriet, ook die analyses werden bij de besluitvorming betrokken. Bij zo'n belangrijke opdracht, weliswaar verleend door een particuliere instelling, ligt het voor de hand dat ook de gemeente invloed wil uitoefenen op de architectenkeuze. De voorkeur van Riek Bakker, directeur van de Dienst Stadsontwikkeling, ging eveneens uit naar het ontwerp van Koolhaas, dat naadloos aansloot op de door haar zo gekoesterde lengteas in het Museumparkontwerp.
Tijdloos repertoire
Het NAi maakte desondanks een andere keuze en verleende Jo Coenen de ontwerpopdracht. Uit de verklaring van het bestuur: "Het ontwerp van Coenen geeft een uitgesproken expressieve en gedifferentieerde uitbeelding van de instituutsfuncties. In de vormgeving van de bouwdelen is niet gezocht naar een uitgesproken modernisme, maar naar een tijdloos repertoire waarmee de evenwaardigheid van de geschiedenis en de actualiteit uit de instituutsformule ter zake wordt uitgebeeld." (Persbericht NAi, 3 oktober 1988). De bruikbaarheid, expressie en de verwijzingen naar de geschiedenis van de architectuur hadden de doorslag gegeven boven de conceptuele kracht van het ontwerp van Rem Koolhaas.